A lo largo del siglo XXI, la ciencia evolucionó hasta el punto de permitir a los humanos con habilidades especiales desarrollar el arte de la magia. En 2095, Tatsuya Shiba y su hermana Miyuki se matriculan en la Escuela Secundaria Afiliada de la Universidad de Magia Privada, pero sus diferentes grados durante las pruebas de examen los ponen en caminos divergentes. Así, mientras que Miyuki se empareja con los estudiantes con habilidades mágicas elevadas o de Curso 1 (etiquetados como "Blooms"), Tatsuya es asignado para estudiar con los menos capacitados o de Curso 2 (etiquetados como" Weeds ").